Neste sentido, os pacientes que são atendidos na Faculdade são considerados como parceiros fundamentais para o desenvolvimento da sua missão.

No âmbito do ensino clínico que ministra, a Faculdade de Medicina Dentária promove junto dos seus estudantes uma cultura orientada para o doente, incentivando e aplicando conceitos éticos e de qualidade universalmente aceites. Entre estes, o respeito pela autonomia do doente nas decisões terapêuticas, na informação e esclarecimento das propostas de tratamento, na confidencialidade dos dados pessoais constantes do processo clínico e no primado do interesse do doente sobre o interesse educativo.

De uma forma integrada, a Faculdade de Medicina Dentária da Universidade de Lisboa, apresenta aos pacientes que a procuram várias opções de serviços clínicos nas suas clínicas universitárias. Estas dividem-se nas dedicadas ao ensino da pré e da pós-graduação, ao ensino da higiene oral e na dirigida ao tratamento dos pacientes com necessidades especiais. Nas clínicas de ensino pré-graduado os atos clínicos são realizados pelos estudantes dos últimos anos do mestrado integrado em Medicina Dentária e da licenciatura em Higiene Oral. Nas clínicas de ensino pós-graduado os estudantes são já profissionais, médicos dentistas ou higienistas orais, que estão a tirar uma especialidade ou a fazer uma formação avançada. Em ambas as clínicas os atos médicos são realizados sempre sob a rigorosa supervisão dos professores, que assumem a responsabilidade dos tratamentos."

Atualmente, no âmbito da pandemia foram adotadas novas medidas de segurança, higienização e proteção individual para evitar ao máximo a transmissão do sars-cov-2, tal como nos consultórios dentários. Hoje em dia sabe-se que a taxa de transmissão do mesmo numa consulta de medicina dentária é extremamente baixa devido às medidas adotadas. Para entrar na faculdade é realizada a medição de temperatura de toda a comunidade e é obrigatório o uso de máscara e desinfeção das mãos. Relativamente aos pacientes, antes de entrar na clínica, são obrigados a colocar os seus pertences num saco que é fornecido pela faculdade, desinfetar as mãos e os pés nos tapetes de desinfeção. Os EPI's (equipamento de proteção individual) obrigatórios dos estudantes que dão consultas e docentes englobam fatos completos esterilizáveis, máscaras KN-95 e viseira facilmente desinfetável. Os estudantes e docentes equipam-se quando o paciente chega à faculdade e, após finalização da consulta, é seguido um protocolo rigoroso de desinfeção de cada box e esterilização dos fatos completos.

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